Dinas Kesehatan pertama kali dibentuk pada tahun 2003 dengan kantor pertama di Puskesmas Labuan Bajo.
Pada tahun 2004 berpindah di Jalan Lamber Kape (Samping Alfa Mart Lorong Pengadilan), mengggunakan rumah kontrakan milik …..
Pada tahun 2006 berpindah di Jalan Wae Sambi Cowang Dereng, menggunakan rumah kontrakan milik Bapak Paulus Mami.
Pada tahun 2008 Menempati Bekas Kantor Bupati Mangggarai Barat, Jln. Gabriel Gampur (Kantor Dinas Cipta Karya sekarang).
Pada tahun 2010 menempati Bekas Kantor DPRD Kabupaten Manggarai Barat, Jalan Gabriel Gampur (Samping Kantor Lama Kecamatan Komodo).
Pada tahun 2013, menempati gedung milik sendiri di Jalan Daniel Daeng Nabit, Labuan Bajo. Tapi baru menempati lantai 2. Tahun 2014 dilakukan lanjutan pembangunan lantai 1 sehingga secara resmi pada tahun 2015. Kantor Dinas Kesehatan secara lengkap menempati lantai 1 dan lantai 2.
Adapun Kepala Dinas Kesehatan yang pernah memimpin antara lain:
- dr. Wera Damianus, MM tahun 2003 - 2005
- dr. I Gusti Ngurah Harijaya tahun 2005 - 2013
- dr. Imakulata Veronika Djelulut, M.Kes tahun 2013 - 2018
- Ismail Surdi, S.PKP selaku Pejabat Pelaksanan Tugas tahun 2018 – 2020
- Paulus Mami, SKM tahun 2020 s/d sekarang